工资由谁发放，不改变劳务派遣关系中“用人单位”的认定。建议先核对劳动者与劳务派遣单位签订的劳动合同，再看劳务派遣协议中关于劳动报酬数额与支付方式的条款，最后用工资发放记录把两份文件与实际发放主体对应起来。这样安排，是因为法律把派遣单位定位为用人单位，把工资支付义务落在它身上，而两家公司之间的协议只解决它们内部如何约定和结算。
一、先核劳动合同：确认用人单位和工资约定
《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条规定：“劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务。劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，除应当载明本法第十七条规定的事项外，还应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。”同条还规定：“劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。”（2012年12月28日修正，2013年7月1日施行，商务部政策法规库公开文本）
这份劳动合同可以核对四项事实：派遣单位是哪家公司、实际用工单位是谁、派遣期限与工作岗位、约定的劳动报酬。工资实际从别的账户转出时，这份材料仍是判断“谁是用人单位”的第一手依据。
二、再核派遣协议：看两家公司怎么约定报酬与支付方式
《中华人民共和国劳动合同法》第五十九条规定：“劳务派遣协议应当约定派遣岗位和人员数量、派遣期限、劳动报酬和社会保险费的数额与支付方式以及违反协议的责任。”第六十条同时规定：“劳务派遣单位应当将劳务派遣协议的内容告知被派遣劳动者。劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。”
把协议中的报酬数额、支付方式条款与实际发放记录对照，可以看清实际发放主体与协议约定之间是什么关系，也能帮助判断发放金额与约定金额是否一致。第六十二条还规定用工单位应当履行“支付加班费、绩效奖金，提供与工作岗位相关的福利待遇”等义务，涉及加班费、绩效奖金时，这部分条款和用工单位的考勤、绩效记录需要单独核对。
三、按同一维度把材料对齐
| 材料 | 核对的主体关系 | 能核对什么 |
|---|---|---|
| 劳动合同 | 派遣单位与劳动者 | 用人单位身份、用工单位、派遣期限、岗位、报酬约定 |
| 劳务派遣协议（报酬与支付方式条款） | 派遣单位与用工单位 | 两家公司约定的工资数额、支付方式、社保费数额 |
| 工资发放记录、银行流水 | 实际发放主体与劳动者 | 发放主体、金额、期间是否与上述约定对应 |
| 考勤、加班审批、绩效记录 | 用工单位的日常管理 | 加班费、绩效奖金是否有对应依据 |
核对时建议让同一项事实在三份材料中指向同一主体和同一期间：劳动合同写明的报酬标准、协议约定的支付方式、流水显示的实发金额，三者并列比对，差异之处单独标注并说明待核实。发生争议申请仲裁时，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十二条规定：“劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。”因此两家主体的材料都值得一并整理。
以上是材料整理顺序的建议，不构成法定举证先后。具体案件中协议版本、实际履行情况可能不同，涉及请求金额和责任分担的，需结合完整材料另行核对。
本文供一般法律知识学习。具体事项的判断需结合案件事实、证据与现行规定。
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